Sim, isso causará problemas. Use o EasyBCD para consertá-lo depois, ele funciona muito bem e é gratuito.
Eu me lembro de algum tempo atrás, instalar o Vista em uma nova partição de uma máquina com "Ubuntu / Vista", e o menu de inicialização do Ubuntu sumiu?
Portanto, agora há uma máquina com o Vista e algumas instalações do Ubuntu (Ubuntu 8 e 9.04) e, em seguida, outra seleção de inicialização feita pela Wubi.
Portanto, há dois menus de seleção de inicialização, um após o outro. O primeiro com algumas escolhas, e o segundo com 2 escolhas.
Então, agora, se o Windows 7 estiver instalado nesta máquina, isso apagará um ou ambos os menus de seleção de inicialização? Nesse caso, tornar uma partição inicializável novamente envolve algum trabalho?
Se for esse o caso, posso também inicializar todas as partições primeiro e ter certeza de copiar os dados e excluir as partições que não preciso, manter o sistema operacional necessário no mínimo e instalar o Windows 7, então haverá menos trabalho para tornar as partições inicializáveis novamente.
Você deve ser capaz de simplesmente inicializar o DVD do Ubuntu e reinstalar o Grub no MBR sem dificuldade. No meu teste muito limitado, o Windows 7 eliminou o Grub como parte de seu processo de instalação.