Há um problema com a máquina virtual, como você pode ver no traceroute, que leva 6 segundos no último salto, que é a rede virtual para a VM.
Ou é um problema de software no sistema operacional convidado (a CPU também está bloqueada para responder em tempo hábil) ou no host (recursos insuficientes para virtualizar a rede com tempos de resposta adequados?). Eu sugiro o suporte ao linode de contato, eles são razoavelmente bons.