Sim, todas as principais distribuições personalizam seu kernel. Eu uso o Mandriva Linux e eles têm 500 patches para o kernel, mas o sistema também funciona bem com o kernel Vanilla (original).
Normalmente, o último número, no seu caso 21, mostra o número de compilação do seu kernel personalizado. Em outras palavras, o Ubuntu construiu 21 kernels diferentes das fontes originais de 2.6.31 até atingirem o estado atual.
Alguns diretórios também são personalizados para permitir que os aplicativos diferenciem entre vários kernels se você tiver mais de um instalado.