Sim, isso pode ser causado por falha no disco rígido. Ou um cabo ruim. Ou um bom cabo que não esteja totalmente conectado. Ou uma RAM ruim. Ou outras coisas. É consistentemente certos diretórios? Isso torna a falha do drive uma explicação mais provável.
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OK, você terminou com isso? Agora, inicialize o sistema com um Ubuntu, Knoppix ou outro LiveCD e execute fsck na partição que está com problemas. Se forem problemas de sistema de arquivos (em oposição a hardware), o fsck deve ser capaz de consertá-lo. Se você estiver usando ext *, você pode executar badblocks para verificar se há danos físicos reais nos pratos (o sinalizador "-c").
Se você estiver com problemas de hardware, vá em frente e compre um novo disco. Os discos rígidos são muito, muito baratos hoje em dia.