Já experimentou uma alternativa de console para configurá-lo a partir do applet de tempo do painel do gnome? O ntpdate é um dos meus favoritos. Eu tenho ele configurado em um script cron em várias máquinas e VMs para garantir que o relógio do meu sistema nunca fique tão distante. (uma vez por semana é bom para os meus padrões. Eu acho que só migro do Atomic Time alguns microssegundos por semana.)
No entanto, com isso dito, tente com
ntpdate time.nist.gov
e veja se corrige seu problema de tempo, sem congelar.
Se o seu sistema continuar a congelar, veja se você não pode usar o ssh em outra máquina e dê uma olhada em / var / log / messages. Em um sistema Fedora em um ponto eu estava 2 horas à frente do tempo real, quando eu redefinir a data, causou pânico porque tudo no sistema estava 2 horas adiantado. Jogou algum erro ridículo sobre o tempo futuro e trancou. Eu desliguei a máquina por um dia e dei outra chance em um console de recuperação sem problemas.
Editar 1: Outro pensamento me ocorreu para tentar alterar suas configurações de fuso horário. Veja se isso irá reconfigurar o seu relógio. Veja o artigo localizado em link
Isso pode ser um subproduto de configurações de TZ confusas.