Why is this? (My hunch is that this is related to the search/indexing service...)
É porque o Explorer armazena os ícones em cache por motivos de desempenho e não consegue descobrir que você os alterou. Estive lá ... muito chato.
Eu não encontrei uma maneira confiável de limpar o cache - aliás, você não afirmou se é isso que realmente queria perguntar;)