com o powershell você pode fazer algo assim:
% get-content IN.txt | out-file -encoding ENC -filepath OUT.txt
enquanto o ENC é algo como unicode, ascii, utf8, utf32. checkout 'help out-file'.
para converter todos os arquivos * .txt em um diretório para o utf8, faça algo assim:
% foreach($i in ls -name DIR/*.txt) { get-content DIR/$i | out-file -encoding utf8 -filepath DIR2/$i }
que cria uma versão convertida de cada arquivo .txt em DIR2.