O importante a ser observado é que 'oculto' não significa realmente 'oculto'. Isso significa "escondido do Joe comum". Qualquer um que possa rodar o fdisk poderá ver que existe uma partição lá, e pode ficar curioso para saber o que é.
Se o seu objetivo é apenas fazer o keying do aplicativo (ele só roda com o drive USB especial), sugiro não criar uma partição oculta, mas sim fazer com que a partição principal fique a poucos kk do fim do USB. dirigir. Em seguida, use as APIs de acesso bruto do Windows para acessar diretamente a unidade USB e procure por dados especiais (que você já tenha escrito) no final do dispositivo físico.
Isso é um pouco furtivo e um pouco menos perceptível do que uma partição extra. Infelizmente, ainda é bastante suscetível a cópias de unidades inteiras e pode não atingir seus objetivos.
Sugiro elaborar o que você realmente quer fazer e tentar ajudá-lo a alcançar esse resultado final.