O p7zip suporta criptografia - veja a documentação em /usr/share/doc/p7zip-full/DOCS/MANUAL/switches/method.htm
Aqui está a sintaxe para criptografar um arquivo.
7z a -psecret -mx=9 -mm=Deflate -mem=AES256 -tzip inputfile.7z inputfile
A sintaxe da linha de comando é excessivamente complexa, mas funciona.