Você também pode querer monitorar essas entradas do Registro:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\NOHIDDEN
e
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL
Um pouco de pesquisa mostra muitos vírus que adulteram todas as 3 entradas de registro. É muito provável que ainda haja algo no seu sistema. Pessoalmente, não me sinto seguro usando um sistema operacional depois que ele é comprometido, mesmo se um scanner detectar muitos vírus e removê-los com sucesso, quem sabe o que é deixado para trás? Se for uma opção (mesmo que você prefira não), sugiro que você faça uma instalação limpa. Imediatamente após todos os seus programas e drivers serem instalados, faça uma imagem de backup com o Acronis True Image ou Norton Ghost que você pode usar. Eu também sugeriria atualizar os backups com frequência.