Existem mais de uma área de transferência no X11, chamadas seleções . Um é PRIMÁRIO e o outro é CLIPBOARD.
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A seleção PRINCIPAL é atualizada assim que você realça o texto. É usado para o clique do meio e geralmente para Shift + Insert.
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A seleção CLIPBOARD é, como a área de transferência tradicional do Windows, atualizada quando você usa itens de menu "Recortar / Copiar" ou Ctrl + X / Ctrl + C e colada quando você usa o item de menu "Colar" ou Ctrl + V.
(Em alguns programas, como navegadores da web, o Shift + Insert realmente cola do CLIPBOARD.)
Você pode mesclá-los com o autocutsel .