Aqui está uma expressão regular que selecionará todo o texto entre cada instância de Top e Bottom:
(?<=Top)([\s\S]*?)(?=Bottom)
para marcar tudo no Notepad ++, você só precisa colocar essa expressão na caixa de pesquisa Mark. Veja a captura de tela abaixo.
Aqui você pode ver a expressão e, do lado direito, explica o que cada personagem da expressão faz: link