O Bash no Ubuntu no Windows não tem o mesmo isolamento que uma VM. Há até mesmo pontos de montagem para facilitar o uso de arquivos não-Linux de dentro do ambiente Bash. Por exemplo, /mnt/c é a estrutura C:\ do Windows. E como os programas do Linux podem acessar esse ramo, comandos perigosos podem danificá-lo.
Eu testei o comando total de exclusão recursiva (dentro de uma VM do Windows) e fiz um bom trabalho ao excluir todos os arquivos aos quais minha conta do Windows tinha acesso. Uma vez terminado, todos os meus arquivos pessoais foram embora, incluindo as pastas da biblioteca (mesmo Desktop). Claro, os comandos do Linux foram embora também.
Para uma ciência destrutiva adicional, reverti a VM de volta para antes do comando e a publiquei novamente, mas com o Bash no Ubuntu no Windows executando como administrador. Ele ainda fazia muitos erros de "acesso negado" porque nem todos os arquivos do Windows permitiam o controle total dos administradores por padrão, mas ainda havia devastação. Na reinicialização, o sistema exibe a tela azul com CRITICAL_SERVICE_FAILED .
Então, sim, comandos perigosos dentro do Bash podem afetar seu sistema host.