Recebi confirmação de que esse comportamento é, na verdade, uma propriedade do leitor de cartões. O leitor de cartão USB expõe apenas um dispositivo de armazenamento em massa USB, portanto, o software nem sabe que há um cartão SD / eMMC. O leitor de cartões teria que expor as partições de boot como dispositivos separados, mas isso não acontece, o que é normal.
Eu preciso encontrar uma maneira de anexar uma interface SD / eMMC nativa ao meu PC host. Quando fiz isso há alguns anos, usei um laptop mais antigo com um leitor de cartão SD integrado e presumo que ele tenha uma interface SD nativa. Os únicos leitores nativos adicionais que posso encontrar agora usam o chipset Ricoh R5U230, agora descontinuado, mas não tenho certeza se os drivers Linux estão disponíveis para ele.