Sua pergunta é sobre colocar arquivos em pastas usando putty. Putty é um programa terminal que se conecta a um servidor através do ssh. Existem ferramentas para fazer upload de arquivos através do ssh, mas essas ferramentas não são putty.
Algumas ferramentas: mobaxterm : inclui terminais ssh com guias, você pode fazer o download e download de arquivos, tem uma versão gratuita
winscp : ferramenta gratuita para carregar e baixar arquivos usando ssh
Para usuários do Windows 10: você pode ativar o shell bash do Windows . Este shell tem comandos como 'ssh' para acesso ao terminal e 'scp' para copiar arquivos por ssh