Nas versões mais recentes do Kakoune, você pode ativar números de linha para todos os buffers colocando o number_lines highlighter dentro do escopo global, com o seguinte comando:
add-highlighter global number_lines
Se você quiser mais controle, outra solução é usar um gancho para adicionar o number_lines highlighter em janelas específicas, por exemplo, se você alinha a numeração apenas em buffers cujos nomes não contêm * (pois esses são geralmente internos buffers), você pode adicionar um gancho que faz exatamente isso:
hook global WinCreate ^[^*]+$ %{ add-highlighter window number_lines }