Se o seu jar estiver em C:\Program Files\Java\swagger-codegen-cli-2.2.2.jar , seu swagger-codegen.bat deverá conter:
@echo off
java -jar "C:\Program Files\Java\swagger-codegen-cli-2.2.2.jar" %*
O @echo off é explicado nesta resposta de estouro de pilha e o %* representa os argumentos passados para o arquivo de lote ( explicado nesta resposta ).