Instale o OpenMPI do repositório com o GCC em vez da Intel

Question

Eu gostaria de instalar o openmpi do repositório e precisar usá-lo com o GCC. O problema é que instalei bibliotecas intel também e isso causa problemas como este:

mpicc.openmpi --version
mpicc.openmpi: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory

A versão do meu GCC é:

gcc (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1~16.04.2) 5.4.0 20160609

Estou tentando instalar o openmpi com o seguinte comando:

sudo aptitude install  openmpi-bin libopenmpi-dev

Então, como posso instalar o OpenMPI a partir de repositórios da maneira que ignoraria as bibliotecas intel e usaria apenas o GCC?

EDITAR

which mpicc.openmpi
/usr/bin/mpicc.openmpi

ldd $(which mpicc.openmpi)
linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffd6fc0000)
libopen-pal.so.13 => /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 (0x00007f9b0c8d0000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f9b0c6b3000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f9b0c2e9000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f9b0bfe0000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f9b0bddc000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f9b0bbd3000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007f9b0b9d0000)
libimf.so => not found
libsvml.so => not found
libirng.so => not found
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f9b0b7b9000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000056030ed59000)
libintlc.so.5 => not found

Instalei o pacote intel Intel® Parallel Studio XE | Software Intel® manualmente (por exemplo, ./install_gui.sh).

EDIT 2

Eu tentei reinstalar o OpenMPI com

sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev

e com

sudo apt-get purge openmpi-bin libopenmpi-dev
sudo apt-get install openmpi-bin libopenmpi-dev

mas nenhum deles teve o efeito desejado, biblioteca ainda links contra bibliotecas intel.

As bibliotecas da Intel estão localizadas em /opt/intel .

EDIT 3

ls -l /usr/bin/mpicc.openmpi /usr/bin/opal_wrapper; apt-cache policy openmpi-bin libopenmpi-dev

lrwxrwxrwx 1 root root    12 Feb 25  2016 /usr/bin/mpicc.openmpi -> opal_wrapper
-rwxr-xr-x 1 root root 18928 Feb 25  2016 /usr/bin/opal_wrapper


apt-cache policy openmpi-bin libopenmpi-dev
openmpi-bin:
  Installed: 1.10.2-8ubuntu1
  Candidate: 1.10.2-8ubuntu1
  Version table:
 *** 1.10.2-8ubuntu1 500
        500 http://at.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status
libopenmpi-dev:
  Installed: 1.10.2-8ubuntu1
  Candidate: 1.10.2-8ubuntu1
  Version table:
 *** 1.10.2-8ubuntu1 500
        500 http://at.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial/universe amd64 Packages
        100 /var/lib/dpkg/status

    

Answer 1

• Ao que parece, o Intel mpicc.openmpi subscreveu o oficial do repositório ou de uma de suas bibliotecas vinculadas.

  Aqui está minha saída:

  ~$ dpkg -S /usr/bin/mpicc.openmpi
  libopenmpi-dev: /usr/bin/mpicc.openmpi
  
  ~$ ldd /usr/bin/mpicc.openmpi
      linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffd785f4000)
      libopen-pal.so.13 => /usr/lib/libopen-pal.so.13 (0x00007ff1d848d000)
      libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007ff1d8270000)
      libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007ff1d7ea6000)
      libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007ff1d7ca2000)
      librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007ff1d7a9a000)
      libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007ff1d7896000)
      libhwloc.so.5 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5 (0x00007ff1d765c000)
      /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000056499326f000)
      libnuma.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libnuma.so.1 (0x00007ff1d7450000)
      libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x00007ff1d7246000)
  

  Ele não retransmite essas bibliotecas ausentes.

• Para consertá-lo, você pode reinstalar o libopenmpi:

  sudo apt-get install --reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev
  

• Observe também /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 . Está na pasta /usr/local/lib/ , então tem prioridade mais alta que a oficial em /usr/lib/ .

  Verifique todas as versões de sud usando

  ls -l /usr/local/lib/libopen-pal.so.13*
  

  depois renomeie-os, exemplo

  sudo mv /usr/local/lib/libopen-pal.so.13 /usr/local/lib/libopen-pal.so.13.backup