Nem O SMTP é apenas um protocolo de transferência de e-mail e não suporta a execução de comandos arbitrários em nenhum dos lados. (Você pode estar confundindo com SSH ou UUCP?)
Dito isto, em geral, se você enviar um comando para um servidor, seria natural que ele afetasse apenas o servidor. Na maioria dos casos, se o servidor fosse capaz de controlar o cliente, isso seria considerado uma falha de segurança.