Houve uma alteração nos GPOs recentemente (problema de segurança corrigido no Windows Update KB3163622) que tenho certeza de que você está se deparando.
Após a nova alteração de segurança, se Usuários autenticados não estiverem na guia Delegação, o GPO não funcionará (período).
Quando você remove Usuários Autenticados do Filtro de Segurança por meio da GUI, ele TAMBÉM o remove da guia Delegação. Isso costumava não ser um problema, agora é. :)
Portanto, depois de remover Usuários Autenticados da Filtragem de Segurança, adicione-os (de volta) à guia Delegação (o acesso somente leitura deve ser suficiente) e continue editando seu Filtro de Segurança como desejar.
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