Portanto, uma coisa a considerar é que até mesmo muitos "pendrives" rápidos não têm controladores que sejam tão bons para operações de E / S aleatórias quanto os SSDs (ou até mesmo HDDs para esse assunto). Isso pode ou não ser importante para sua carga de trabalho específica, mas certamente existem algumas unidades USB "200MB / s" que apresentam um desempenho tão ruim de leitura / gravação que são muito ruins quando usadas como unidades de inicialização. Há também (como HN Singh aponta) problemas de confiabilidade com muitos flash drives - é bem possível que o que você tem não seja suscetível a isso, mas vale a pena ressaltar novamente.
Tudo o que foi dito, eu fiz o que você descreveu usando um Samsung EVO 840 SSD, com um adaptador "normal" USB 3.0 < - > SATA. Não consegui notar nenhuma diferença significativa no uso normal em comparação a ter o drive instalado nativamente, exceto por uma pequena redução em alguns dos benchmarks sintéticos. Eu também criei isso como um sistema WinToGo, e eu basicamente o uso para carregar uma "instalação conhecida" do Windows 10 para rodar em qualquer outro hardware aleatório por perto. Para mim, funciona muito bem.
Com base na sua pergunta, eu também rapidamente usei essa configuração como uma unidade de inicialização para uma máquina convidada no Ubuntu 16.04 / KVM / qemu - neste caso, o fato de a máquina ter sido inicializada a partir de uma unidade adaptada para USB / SATA t parecem importar também. O desempenho não pareceu diferente de inicializar a imagem de VM do Windows "regular" do armazenamento local da máquina host.
é difícil responder especificamente às suas perguntas, mas espero que isso ajude pelo menos algumas.