Can I make an empty partition
Sim. Você pode reduzir a partição NTFS existente e criar um novo particionamento no espaço não particionado recém-criado. Existem várias maneiras de fazer isso, incluindo software incluído no próprio sistema operacional Windows.
(Então, se você tem acesso a uma instalação do Windows, não há necessidade de procurar por software de terceiros, como o pqmagic)
Eu recomendo strongmente que você faça o backup antes de fazer isso.
and reformat it without touching the other partition containing files?
Tecnicamente: sim.
No entanto, eu recomendo um backup primeiro. E depois disso é mais fácil (e provavelmente mais rápido) simplesmente limpar e restaurar a partir do backup.