Eu tenho o mesmo problema na edição do KDU do Linuc Mint. Por sorte, encontrei uma resposta no wiki do ArchLinux:
To change the colors in GTK2 applications, find the section for tooltips in the
.gtkrc-2.0file and change it. For GTK3 application two files need to be changed,gtk.cssandsettings.ini.
Fonte: link