Não há necessidade de criptografar novamente o seu diretório pessoal, e nenhuma outra etapa precisa ser executada.
Seu diretório pessoal não está diretamente criptografado com sua senha. Em vez disso, a frase secreta usada para criptografar o diretório inicial é criptografada com sua senha.
Quando você altera sua senha, a frase secreta do diretório pessoal é criptografada novamente com sua nova senha, portanto, você deve ter acesso contínuo aos seus arquivos com a nova senha.
Isso é tratado via PAM (Pluggable Authentication Modules), portanto, deve funcionar com qualquer ferramenta de alteração de senha. A exceção é a alteração de senha administrativa em que a senha original não é fornecida. Esse é o comportamento esperado: se o administrador puder descriptografar seus arquivos sem saber sua senha, não haverá proteção real.
No caso de você realizar uma alteração de senha administrativa, após montar seu diretório pessoal com
ecryptfs-mount-private
e sua senha antiga, problema
ecryptfs-rewrap-passphrase ~/.ecryptfs/wrapped-passphrase
para alterar a senha de desembrulhar para corresponder à sua nova. Dessa forma, seu diretório pessoal será montado automaticamente no login, como costumava fazer.