A opção -0 para xargs significa que a entrada está sendo nula -separada, não separada por nova linha. No seu script awk , defina o separador de registro de saída ORS como um caractere nulo %code% :
du --max-depth=1 -h --threshold=100MB | head -n-1 | awk 'BEGIN {ORS="du --max-depth=1 -h --threshold=100MB | head -n-1 | awk 'BEGIN {ORS="%pre%"} {print $2}' | xargs -p -0 -I {} mv {} ../new_location
"} {print $2}' | xargs -p -0 -I {} mv {} ../new_location