Existe um relatório de bug relacionado antigo, marcado como fixo. sobre isso: Duração incorreta exibida no arquivo webm . Isso parece estar relacionado ao fato de que um arquivo webm não contém um índice de todos os quadros, mas apenas quadros-chave.
A primeira opção é reempacotar o WebM
ffmpeg -i current.webm -c copy -fflags +genpts new.webm