Você esqueceu de adicionar '(' e ')' após do , escreva assim:
@echo off
for /l %%i in (1,1,400000) do (
"C:\Program Files\Program\run.exe" Total-%%i.dat )
ou em uma linha sem colchetes:
@echo off
for /l %%i in (1,1,400000) do "C:\Program Files\Program\run.exe" Total-%%i.dat
Para executar esse arquivo em lote (que você salvou, por exemplo, em c:\test\script.bat ) de outro diretório, basta alterar seu diretório atual em cmd para A:\work1 , abrir cmd e digitar:
C:\Windows\system32> a:
A:\> cd work1
A:\work1> c:\test\script.bat
ou copie o script para A:\work1\script.bat e execute seu script a partir dele:
C:\Windows\system32> a:
A:\> cd work1
A:\work1> script.bat
Uma alternativa é abrir o diretório A:\work1 no Explorer e manter pressionado o SHIFT + clique com o botão direito do mouse no painel direito em um branco vazio e escolha Open command window here no menu.
ou use o caminho completo no seu script:
@echo off
for /l %%i in (1,1,400000) do (
"C:\Program Files\Program\run.exe" A:\work1\Total-%%i.dat )