Exportar camadas agora existe como um plugin de aqui
Eu tentei google mas o que ele diz não é mais adequado. Não há opção Exportar camadas no arquivo de menu.
Além disso, com muito mais funcionalidade, você provavelmente vai gostar do GIMP Animation Package: uma coleção de plug-ins que não apenas é capaz de "expandir" os quadros de um GIF animado para uma série de imagens, mas oferece muito funcionalidade para aplicar filtros e outras operações em cada quadro no vídeo expandido.
Como depende do trabalho voluntário, você achará o GIMP-GAP desatualizado e mal conservado, mas se conseguir fazê-lo funcionar em sua configuração, você poderá fazer muitas coisas . (Os instaladores do Windows para o GIMP 2.8 terão que ser procurados na internet, mas no Linux ele geralmente compila a partir da fonte e está disponível para as principais distribuições) link
Plug-ins à parte, já respondi como fazer isso digitando algumas linhas no console do Python que vem pré-instalado com o GIMP.
Existem tutoriais (e outras respostas minhas) sobre como transformar isso em um simples plug-in - a vantagem de fazer esse "processo manual" é que você pode executar facilmente outras operações em cada camada, se quiser também: