Área de transferência compartilhada na área de trabalho remota sincroniza ambas as pranchetas - quando você copia algo em um computador, a área de transferência na outra extremidade obtém a mesma coisa. Não há lugar "intermediário", apenas duas pranchetas idênticas.
No entanto, ao copiar arquivos, a área de transferência não contém os arquivos em si, ela só tem uma lista de caminhos de arquivo , com tipos de dados especiais indicando (" array idlist shell "entre outros). Ao colar, o próprio programa abre e lê esses arquivos.
O Remote Desktop trabalha com isso convertendo a lista em um tipo de dados ligeiramente diferente, que também não possui os caminhos, mas instruções para solicitar o arquivo do MSTSC [no cliente] ou do RDPCLIP [no servidor]. Não consegui encontrar os detalhes técnicos reais, mas o blog dos Serviços de Área de Trabalho Remota tem alguns mensagens relacionadas.
Assim, o arquivo original é onde você o encontrou, a cópia é onde você o colou e não reside em nenhum outro lugar a não ser isso.