O VirtualBox mantém um registro das VMs que você criou / importou. Este registro é apenas um arquivo XML que pode ser editado. O arquivo está localizado em:
%USERPROFILE%\.VirtualBox\VirtualBox.xml
Neste arquivo, há uma seção chamada MachineRegistry
que lista todas as suas VMs:
<MachineRegistry>
<MachineEntry uuid="{xxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxx}" src="E:\virtualbox\Ubuntu 14.04 LTS\Ubuntu 14.04 LTS.vbox"/>
</MachineRegistry>
Atualizamos os caminhos neste arquivo.