Você está enfrentando esse problema porque o Windows não manipula nomes de arquivos (e nomes de pastas) que terminam com um espaço ou um ponto final corretamente.
Você pode resolver esse problema colocando as pastas afetadas em um arquivo Zip, excluindo os originais e restaurando o conteúdo do arquivo Zip. Certifique-se de abrir o arquivo Zip no Windows Explorer quando estiver extraindo o conteúdo para que o Windows Explorer nomeie os arquivos de uma maneira que ele possa acessar. Usar um programa diferente para extrair o arquivo Zip pode fazer com que os nomes defeituosos sejam persistidos.
Uma alternativa é renomear as pastas afetadas enquanto elas estiverem no arquivo Zip. Isso fará com que os nomes sejam corrigidos no arquivo zip, mesmo antes de serem extraídos, oferecendo um processo de extração sem problemas. A desvantagem dessa abordagem é que, dependendo do programa usado e do número de itens que você precisa renomear, isso pode demorar um pouco para ser concluído.