Existe o Nullsoft Scriptable Install System (que é de código aberto e usado pelo Google, Mozilla e Intel, entre outros). um plug-in Python para o máximo de qualidade de script. E um plug-in do Eclipse (embora isso possa não ser interessante se você for um usuário do Visual Studio).
OInno Setup é grátis e pode ser programado, mas não é de código aberto.
Ambos são poderosos e cada um é bem fácil de fazer coisas simples. Ambos também estão em uso bastante largo então há um pouco lá fora no caminho de how-tos. O NSIS ainda tem assistentes / editores disponíveis