Digamos que você queira mover arquivos com pelo menos 1000 bytes para um novo local que imite a hierarquia de pastas de origem:
robocopy "sourcePath" "destinationPath" /s /min:1000 /mov
Se você quiser mover os arquivos para um único diretório (sem hierarquia), poderá usar o seguinte. Mas lembre-se de que as colisões de nomes podem resultar em um arquivo sobrescrevendo outro no destino.
for /r "sourcePath" %F in (*) do @if %~zF geq 1000 move "%F" "destinationPath"
Duplique as porcentagens se você usar o comando em um script em lote.