Eu acho que você pode limpar sua variável PATH e executar todos os IDE (como o Visual Studio) em seu próprio "script de inicialização", onde você define a variável PATH apropriada:
set PATH=%PATH%;C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\Tools\binn
start "C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\Common7\IDE\devenv.exe"
Dessa forma, você pode limitar o comprimento do seu PATH.