O sistema operacional e o software instalados residem no disco rígido, não na placa-mãe. Se o seu disco rígido está funcionando bem, você está seguro, pois tudo o mais no seu computador é facilmente substituível, sem nenhuma perda de dados. Contanto que você possa encontrar as peças de reposição compatíveis, isto é.
Descubra o número do modelo da sua placa-mãe ou o número da peça, e procure uma correspondência exata em sua loja de peças de computador favorita ou compre-a diretamente do fabricante. Se o modelo é difícil de encontrar, basta obter a correspondência mais próxima em termos de compatibilidade. Substitua a placa-mãe presa pela nova que você comprou e inicialize o PC. O Windows deve começar bem. Ele pode instalar novos drivers para a placa-mãe e reiniciar algumas vezes, mas você voltará à mesma configuração antiga da área de trabalho com todos os seus softwares favoritos intactos.
Para ser mais seguro, você pode usar um clonador de HDD para HDD ou simplesmente outro computador para fazer backup de seus dados antes de tentar o acima. Mas as chances de falha são muito baixas, já que nada reside na sua placa-mãe em termos de dados pessoais.
Você pode ter problemas de licenciamento se o Windows estiver ativado com a impressão digital da placa-mãe antiga. O Windows pode avisá-lo de que ele foi desativado devido a alterações no hardware e concederá um período de carência para reativá-lo. Basta entrar em contato com a Microsoft e explicar sua situação. Após verificar sua legitimidade de compra, eles serão reativados para a nova placa-mãe.
Editar: Se você realmente pretende instalar uma nova cópia do Windows, mesmo que você possa inicializar o antigo, observe que não há uma maneira fácil de restaurar o software e os dados pessoais. Existem algumas ferramentas fornecidas pela Microsoft para tentar fazer isso para você, mas não é garantido que funcionem bem. Seu software pode falhar ou não funcionar de todo. Eu diria que é muito melhor reinstalar todo o software também do que tentar restaurá-los. Para dados pessoais, basta copiá-los para outro dispositivo de armazenamento antes de limpar o disco rígido.