Para o que li e testei aqui, você só precisa do Empathy e fazer o login com uma conta do Google. O outro usuário também precisa ter uma conta do Google para fazer isso funcionar.
Na página do Empathy, ele diz que suporta os seguintes recursos: link
Eu mencionaria o plug-in google-talk, mas é um plug-in do navegador para usar os recursos do gtalk no navegador.
Quando você tem dois usuários usando uma conta do Google, a opção para Chamada de áudio será destacada quando você clicar com o botão direito do mouse na janela da Lista de contatos.
Agora, para ser justo, este não foi o caso há quase um ano. Naquela época, o Empathy não suportava esse recurso. Agora você pode usar o Empathy para chamar um usuário dentro do navegador, por exemplo, se ele estiver usando o Gmail no momento e tiver o bate-papo ativado.
Por enquanto, o problema que encontrei é tentar chamar o Empathy da página do Gmail. Funciona apenas do Empathy para o Gmail, mas não ao contrário. Com as muitas atualizações feitas ao Empathy desde a última versão no Ubuntu 10.04 (que é o 2.34) estou pensando que esse "bug" pode ser corrigido. Para o changelog, veja aqui: link