Não sei se você já tem uma solução, mas eu tive o mesmo problema e resolvi com as seguintes entradas de registro:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\smartgit]
@="Open in SmartGit"
[HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\shell\smartgit\command]
@="\"C:\Program Files (x86)\SmartGit\bin\smartgit.exe\" --open \"%V\""
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\Directory\background\shell\smartgit]
@="Open in SmartGit"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\Directory\background\shell\smartgit\command]
@="\"C:\Program Files (x86)\SmartGit\bin\smartgit.exe\" --open \"%V\""
Basta copiar e colá-lo em um arquivo de texto, nomeá-lo como quiser, mas com a extensão de nome de arquivo ".reg" e executá-lo. Reinicie o explorer.exe e isso deve funcionar.