Consegui replicar seu problema. Se o valor do tempo colado não tiver nada para a posição da hora, a entrada é interpretada como texto e exibida exatamente como inserida. O Excel não aceitará como um valor de tempo, independentemente de como a célula é formatada. Aqui está uma solução (não muito elegante, mas funciona).
A solução usa uma célula de conversão. Digamos que suas entradas de tempo sejam coladas na coluna A. Em vez de usar os valores da coluna A em suas fórmulas, você usa valores convertidos de outra coluna, digamos coluna B. Portanto, se o primeiro valor de dados estiver em A2, a célula B2 seria:
=IF(ISTEXT(A2),TIMEVALUE(0&A2),A2)
Copie essa coluna conforme necessário. Como um valor de hora ausente transforma a entrada em texto, isso a testa para isso. Se for o caso, ele acrescenta um zero à esquerda e converte a string em um valor de tempo. Formate a célula no formato de hora desejado (como h: mm: ss). Em seguida, use esse valor em vez dos dados de entrada.