Não, window-system não é recomendado para isso, desde que graphic-display-p foi adicionado ao Emacs (caminho de volta no Emacs 22). Não use (if window-system...) . Use isso em vez disso:
(if (display-graphic-p) ...)
Se você usa seu arquivo init com uma versão antiga do Emacs (anterior ao Emacs 22) e uma nova, use isto:
(if (if (fboundp 'display-graphic-p) (display-graphic-p) window-system) ...)