Você especificou o Windows, então:
for %i in (*.mkv) do ffmpeg -i "%i" ...
Se você estiver fazendo isso em um arquivo de lote, use %% i em vez de% i.
Se você quiser alterar o tipo de arquivo de saída (por exemplo, para MP4), use "% ~ ni.mp4" como o nome do arquivo de saída.
Você deve colocar% i entre aspas para que o nome do arquivo com espaços seja tratado corretamente.