Não, você não pode separar o console em painéis separados no ISE. Na minha opinião, o console no atual ISE é melhor do que era na v2. Por exemplo, com os painéis separados, se o seu cursor estava no painel de saída, você não poderia começar a digitar sem antes passar para o painel de entrada.
Além disso, o painel de saída antigo do ISE não era mais limpo; ainda exibia o código de entrada junto com a saída resultante.
Se você preferir ter um local dedicado para entrada, o editor de scripts PowerGUI mantém o prompt de entrada na parte inferior do painel de saída .