Você deve poder editar (ou criar) um arquivo .desktop do programa e colocá-lo em ~/.local/applications/ (para um único usuário) ou /usr/share/applications/ (compartilhado em todas as contas).
Seria algo parecido com este exemplo eclipse.desktop :
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Eclipse
GenericName=Integrated Development Application
Comment=Eclipse
Exec=/usr/local/bin/eclipse
Icon=/opt/eclipse/icon.xpm
Terminal=false
Type=Application
Categories=Development;IDE;
Aqui é uma fonte decente para começar com o seu próprio .desktop arquivos.
Você obviamente precisa atualizar as informações acima para os locais do seu executável e ícone.