Provavelmente, apenas no caso de você estar executando-o antes que o Windows inicie - se ele falhar, o Windows não inicializará.
Além disso, tecnicamente, o arquivo system está ok, é apenas aquele arquivo que tem um problema. O Windows provavelmente marcou esse setor como ruim, e esse arquivo provavelmente agora tem dados ausentes.
Você deve realmente substituir essa unidade.