O FTP tende a ser problemático, especialmente com seus recursos de arquivo de texto, não é uma implementação remota do sistema de arquivos. Mas, para uma cópia simples de um grande conjunto de arquivos, eu também recomendaria rsync .
Para mover os dados pela rede, rsync é o caminho a percorrer. Se você se desconectar ou ocorrer qualquer outro problema, rsync verificará os arquivos e copiará apenas as diferenças. Você pode até mesmo alterar os dados originais e executar rsync para sincronizar novamente. Quando estiver pronto, você pode simplesmente remover o original, se você não precisar mais dele.
O FTP às vezes tenta ser inteligente e diferenciar arquivos binários e de texto e possivelmente recodificar os arquivos de texto. Você pode desativar isso em seu cliente, no entanto. O NFS está sendo usado por muitas empresas como um sistema de arquivos de rede para dados críticos, o que o torna mais testado do que o FTP cujo propósito comum é baixar dados do anonftp e enviar dados para sites, etc. Se você for cuidadoso, pode usar os protocolos, mas rsync é cuidadoso para você;).