O TrueCrypt intercepta todas as operações de leitura e gravação. Se a operação é para a parte do disco que não está criptografada, a operação é feita sem criptografia. Se a operação é para a parte do disco que está criptografada, a operação é feita com criptografia. Enquanto isso, a porção não criptografada está diminuindo enquanto a parte criptografada está se expandindo até que todo o disco seja criptografado.
A única peculiaridade é manipular uma operação para um bloco que está sendo criptografado. No caso improvável de acontecer, TrueCrypt simplesmente atrasa a operação ao bloco até que ele seja criptografado e, em seguida, a operação prossiga normalmente para um bloco criptografado.