Somente quando a VM do Windows NÃO estiver em execução.
Quando a VM é executada, os arquivos estão em uso e de forma que um backup de instantâneo (que é o que o Time Machine faz com arquivos "abertos") é inútil. Você obterá um backup dos arquivos da VM, mas 99 de 100 vezes não poderão ser usados para recuperar a VM.
(O mesmo vale para VMs no VirtualBox ou no VMWare Fusion também).