Você confunde o automount com a execução automática.
O Automount não é basicamente prejudicial, pois só conecta o dispositivo ao seu computador. Isso também é feito no Windows (quando a letra da unidade é montada automaticamente). No Windows, o automount é ativado sempre (sem hacks ele não pode ser desativado), onde no Linux você tem uma escolha fácil.
O que é perigoso é autorun. Isso é perigoso no Windows e no Linux, pois pode executar scripts indesejados. Portanto, sugiro desativá-lo.