D é tipicamente sua partição de recuperação e C é onde sua unidade salvará qualquer e todos os seus dados que podem ser considerados normais (jogos, arquivos temporários, cache, etc etc)
A limpeza de disco é uma ótima ferramenta, mas você pode achar uma ferramenta chamada CCleaner muito mais eficiente. Você pode baixá-lo gratuitamente e tem muito mais opções de profundidade do que uma limpeza de disco.
Existe alguma coisa que não esteja sendo usada para se livrar de espaço?
Além disso, à medida que você continua a preencher a unidade, pode notar (ou não) uma diminuição no desempenho da sua unidade.