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FAT32:
- Número máximo de arquivos: 268.435.437
- Tamanho máximo do arquivo: 4 GB
- Número máximo de arquivos por diretório: até 65535, ou menos, dependendo dos nomes de arquivos
NTFS:
- Número máximo de arquivos: 4.294.967.295
- Tamanho máximo do arquivo: 16TB atualmente (16EB teoricamente)
O FAT32 tem um limite de 65535 arquivos por diretório. Quanto ao não-FAT32, não consegui encontrar um "limite rígido", mas as informações nesta comparação gráfico é bastante informativo.