O que eu sugiro que você faça é reduzir a parte que não quero que seja transparente e, em seguida, use:
convert image.png -transparent white result.png
ou se não for perfeitamente branco, tente
convert image.png -fuzz XX% -transparent white result.png
onde quanto menor o%, mais próximo do branco verdadeiro ou inversamente, quanto maior o%, mais variação do branco pode se tornar transparente. Para mais detalhes, verifique este e isso . Depois de aplicá-las, eu sobreporia essa imagem na original. No entanto, você pode usar Geometria se quiser. Mas eu preferiria o primeiro caminho apenas.